Icey的博客

Thinking will not overcome fear but action will.

Sv检测软件

list CREST Control-FREEC Manta Delly LUMPY (does not detect insertion) GROC-SV Pindel ok Breakdancer ok BreakSeq SURVIVOR PopIns (for insertions) svABA CREST link manta ...

Posted by Icey的博客 on October 8, 2019

Coverage与depth

reads覆盖度分布图 depth图 理论 Depth 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，可以理解为基因组中每个碱基被测序到的平均次数。测序深度 = reads长度 × 比对的reads数目 / 参考序列长度。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。 我们的图是用的这个数据。 Coverage 覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组...

Posted by Icey的博客 on September 29, 2019

R零散笔记

R 标签重叠问题 ggrepel::geom_text_repel和geom_label_repel 颜色 scale_fill_brewer(palette = “Spectral”) scale_fill_brewer(palette = “set1”) scale_fill_manual(values=rainbow(12)) ggplot2 piechart df = dat...

Posted by Icey的博客 on September 27, 2019

变异检测报告

3.2.8 及以下版本的 MWeb 要更新到 3.3.1 及以上版本时，请 下载 或更新到 3.2.8 版本，然后使用菜单： MWeb - 导出偏好设置数据… 功能，导出所有设置。然后再升级到 3.3.1 版本。当升级到 3.3.1 版本后，请使用菜单： MWeb - 导入偏好设置数据… 功能，导入 3.2.8 版本导出的偏好设置数据！ 疑问 如何拆分整体vcf 变异检测统计 软件 参考 ...

Posted by Icey的博客 on September 24, 2019

Vcf

vcf ##fileformat=VCFv4.0 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=1000GenomesPilot-NCBI36 ##phasing=partial ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Sa...

Posted by Icey的博客 on September 20, 2019

Annovar

Annotate_variation.pl Annotate_variation.pl的注释方式分为三种： Gene-based annotation Region-based annotation Filter-based annotation 参数分别为-geneanno，-regionanno，-filter annotate_variation.pl -geneanno -bu...

Posted by Icey的博客 on September 20, 2019

待整理

https://www.jianshu.com/p/471283080bd6 seqkit seqkit stat seqkit fx2tab -l -g -n -i -H assembly.fasta 按染色体拆分fasta for i in `cat ref.fa|grep ">"|cut -c 2-` do cat ref.fa|seqkit grep -p ${i} >...

Posted by Icey的博客 on September 19, 2019

问题与解决

layout: post title: 问题与解决 subtitle: date: 2019-09-18 author: 琼脂糖 header-img: img/post-bg-re-vs-ng2.jpg catalog: true tags: - debug — 记录日常遇到的bug和debug。 9月 9.30 找不到pyh模...

Posted by Icey的博客 on September 18, 2019

重测序分析理论

图 流程 数据质控 比对参考基因组，测序深度及覆盖度统计 coverage of each accession against each chromosome of grapevine genome：SAMtools（BAM files） SNP density, indel density, and total genetic diversity across each ch...

Posted by 琼脂糖 on September 18, 2019

python高级

Python学习笔记。包括exception，模块，标准库，pypi等。 6. Exception Exception的作用是：prevent program from crashing try except else结构：else- 当try的代码没有throw exception的时候执行 try: age = int(input("Age: ")) except ...

Posted by 琼脂糖 on September 18, 2019

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