Icey的博客

Thinking will not overcome fear but action will.

python数据结构

Python数据结构：列表，数组，生成器，元祖等。 1. list列表 列表对象是可直接相加的。相当于两个列表合并。 combined = zeros + letters list（range（10））可以将literable转换成list letter[::2] 每两个元素返回 lette[;;-1]倒序 list解包 全部提取 numbers = [1, 2,...

Posted by 琼脂糖 on September 18, 2019

BWA-GATK流程探究

实际流程 mapping（bwa） bwa mem 比对，加RG信息，输出bam文件 samtools sort bam samtools index bam PCR去重复 picard MarkDuplicates dedup-reads.bam picard BuildBamIndex 改成samtools index depth_addn脚本 Dept...

Posted by 琼脂糖 on September 18, 2019

短小精悍有用代码

bash，python，R的一些小功能性代码或者简单函数。学习和记录用。 bash for loop for smp in *_clean do for file in ${smp}/*.png do echo $file done done for smp in 00.prepare/*_1.fastq do name=${smp//_1.fastq/} e...

Posted by 琼脂糖 on September 16, 2019

snakemake笔记（二）

使用文档 requirements： snakemake python3 在python3环境中，安装snakemake。 conda create -n py35 python=3.5 source activate py35 conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake 准备文件：cluster.json, s...

Posted by 琼脂糖 on September 16, 2019

bash shell快捷键

bash,zsh,vim,mweb,sublime里可以提升工作效率的快捷键和命令。 移动光标 ctrl+b: 前移一个字符(backward) ctrl+f: 后移一个字符(forward) alt+b: 前移一个单词 alt+f: 后移一个单词 ctrl+a: 移到行首（a是首字母） ctrl+e: 移到行尾（end） ctrl+xx: 行首到当前...

Posted by 琼脂糖 on September 16, 2019

Python基础

python基础，编辑器配置，函数，控制流 1. 基础 变量命名 描述性的，有意义的：sutdents_count course_name 小写字母 下划线分隔 string：triple quotes 多行文本。格式文本 大括号 first = "Mosh" last = "Hamedani" full = f"{first} {last}" print(fu...

Posted by 琼脂糖 on September 12, 2019

重测序软件记录

Mapping bwa http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml samtools http://www.htslib.org/doc/samtools-1.2.html {config[bwa]} mem -M -t {threads} -R '@RG\tID:group1\tPL:illumina\tSM:{wildcards.sample}\...

Posted by 琼脂糖 on September 12, 2019

snakemake

用法 常用命令 snakemake -np 查看全部流程 snakemake --snakemakefile myfile.py 指定snakefile snakemake --snakefile res-snake.py -np -R dedup_realn 重跑rule dedup_realn（dry run），注意如果snakemake认为需要跑的step（rull all输出文件推...

Posted by 琼脂糖 on September 9, 2019

常用命令备忘录

[TOC] bash 切换zsh exec $HOME/bin/zsh -l 文件操作 ls pwd cd mkdir less /字符查询 n下翻 rm -rf 文件夹名 （强制 recursively 删除文件） echo "" > samples.json 清空文件 rpm -qa |grep yum 查看yum版本 whereis python 目...

Posted by 琼脂糖 on September 9, 2019

重测序流程笔记

熟悉流程记录

重测序流程整理记录。 [TOC] 文档 安装snakemake conda create -n py35 python=3.5 source activate py35 conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake 命令 nohup perl /local_data1/pipeline/Resequencing/03.S...

Posted by 琼脂糖 on September 6, 2019

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