reads覆盖度分布图 depth图
理论
Depth
测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，可以理解为基因组中每个碱基被测序到的平均次数。测序深度 = reads长度 × 比对的reads数目 / 参考序列长度。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。
我们的图是用的这个数据。
Coverage
覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。指的是基因组上至少被检测到1次的区域，占整个基因组的比例。测序得到碱基数所覆盖的区域/总基因组比例。
是一个百分比。一般接近100%。
coverage覆盖度
Chromosome ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
BED FILE A *************** *************** ****** **************
BED File B ^^^^ ^^^^ ^^ ^^^^^^^^^ ^^^ ^^ ^^^^
^^^^^^^^ ^^^^^ ^^^^^ ^^
Result [ N=3, 10/15 ] [ N=1, 2/15 ] [N=1,6/6] [N=6, 12/14 ]
depth则要用总碱基数（reads长度*比对的reads数目)/总区间长度。
samtools sort(选用）
可以用samtools，但只能统计单位点。
-a output all positions (including zero depth)
-a -a (or -aa) output absolutely all positions, including unused ref. sequences
$samtools depth $bam -a -a > samt_depth.txt
cat samt_depth.txt | awk '
BEGIN{FS=OFS="\t"}
$2%100000==1{sum=0}
$2%100000!=0{sum=sum+$3}
$2%100000==0{sum=sum+$3;print $1,$2,sum/100000}' > depth_win.txt
window设定： 染色体长度5M 5M/100=50000,设为10000
bedtools
bedtools coverage可以使用滑动窗口对区间进行统计
根据染色体长度来确定窗口和步长大小 例子1：len= 174,033,170 174M /10 窗口10M 1M 例子2：5M / 10 = 0.5M 窗口0.1M
bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000000 > windows.bed
bedtools coverage -a windows.bed -b xxx.sort.bam > xxx.depth.txt
步长：窗口在染色体上每次向右平移距离
genome.txt为染色体，染色体长度。输出windows.bed为染色体，区间开始位点，区间结束位点。 depth.txt为染色体，区间起始，区间结束，该区间内reads数，区间碱基数，区间大小，区间的平均coverage
这里得到的7列的最后一列是平均覆盖度coverage。 如果加上参数depth，则最后一列是测序深度depth。
实际分析
bam文件：PCR去重复后的？ 需要sort吗
to do：如果chr太多，选择部分chr显示。
##参考
