3.2.8 及以下版本的 MWeb 要更新到 3.3.1 及以上版本时，请 下载 或更新到 3.2.8 版本，然后使用菜单： MWeb - 导出偏好设置数据… 功能，导出所有设置。然后再升级到 3.3.1 版本。当升级到 3.3.1 版本后，请使用菜单： MWeb - 导入偏好设置数据… 功能，导入 3.2.8 版本导出的偏好设置数据！
疑问
如何拆分整体vcf
变异检测统计
软件
参考
- bcftools stats
- https://github.com/BimberLab/DISCVRSeq/
- vcf相关的软件list
- https://vcftools.github.io/man_latest.html
- 学习vcf
杂合与纯合 第九列的第一个就是1/1 0/1 0/0
grep INDEL realign.vcf |perl -alne '{@tmp=split/:/,$F[9];print $tmp[0]}' |sort |uniq -c
ts，tv
bcftools stats vcf.final.vcf -s - > test.stats
自己统计
grep -v "#" A.snp.vcf|awk '$4=="A"&&$5=="G" ||$4=="G"&&$5=="A"||$4=="C"&&$5=="T"||$4=="T"&&$5=="C"{i++}END{print i}'
其他
查看样本
bcftools query -l filtered_snp.vcf
将vcf按样本拆分。与流程区别在于，流程去除了没有PASS的。
bcftools view -c1 -Ov -s A -o A.snp.vcf filtered_snp.vcf
for file in *.vcf*; do
for sample in `bcftools query -l $file`; do
bcftools view -c1 -Ov -s $sample -o ${file/.vcf*/.$sample.vcf.gz} $file
done
done
示例
indel 统计
insertion和deletion：很简单，indel就是小片段的插入和缺失。比较REF和ALT列，长度变短的就是缺失，反之就是插入。
cds和全基因组：根据注释结果（外显子文件和全基因组文件）
记录
- indel长度分布图：每个长度独立都输出。
参考
- bcftools统计vcf文件中位点信息
- https://github.com/samtools/bcftools/wiki/HOWTOs
