Mapping
bwa http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml samtools http://www.htslib.org/doc/samtools-1.2.html
{config[bwa]} mem -M -t {threads} -R '@RG\tID:group1\tPL:illumina\tSM:{wildcards.sample}\tLB=lib1\tPU=unit1' {input.ref} {input.or1} {input.or2} | {config[samtools]} view -Sb - > {output.bam}
{config[samtools]} sort -@ {threads} -m 4G -O bam -o {output.sorted_bam} {output.bam}
{config[samtools]} index {output.sorted_bam}
第一步：输出长串M::mem_pestat
第二步：
报错吗：skip orientation RF as there are not enough pairs skip orientation RR as there are not enough pairs
SV软件
微信：一篇文章说清楚基因组结构性变异检测的方法
除了Pindel，Delly也是应用SR方法进行变异检测的软件，不过Pindel在早期千人基因组计划中用的最多，Delly是后起之秀，当然现在有代表性的工具还有不少，比如lumpy、SVseq2等。
delly
make all，报错undefined reference to boost::program_options::*。gcc版本7.2.0
换版本后，make成功。
export OMP_NUM_THREADS=2
delly call -x hg19.excl -o delly.bcf -g hg19.fa input.bam
bcftools view delly.bcf > delly.vcf
-t DEL
breakdancer
在sv_caller.py中，如果选择breakdancer来分析，会报错
samtools view: writing to standard output failed: Broken pipe samtools view: error closing standard output : -1
报错脚本：
with open("breakdancer.cfg", 'w') as outfile:
subprocess.Popen(['/local_data1/software/perl/perl-v5.28.0/bin/perl', '/local_data1/software/breakdancer/breakdancer-1.1.2/perl/bam2cfg.pl', '/local_data1/work/liyubing/test/01.mapping/sorted_reads_head_B.bam'], stdout=outfile.fileno())
但这个代码单独跑是没有问题的。在subprocess中就会报错。
root
wget https://root.cern/download/root_v6.18.02.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz
tar -zxvf root_v6.18.02.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz
解压为root文件夹
再修改$HOME/.bashrc，添加以下两行
export PATH=/Path/to/rootdir/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/Path/to/rootdir/lib:$LD_LIBRARY_PATH
注意：/Path/to/rootdir即上一步安装root包时压缩后root文件夹的位置，请用绝对路径！
cd root
. bin/thisroot.sh
cnvnator
紧接着上面root的source进行。在同一个shell
git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
cd CNVnator
ln -s /path/to/src/samtools samtools
make
make报错
在Makefile中LIBS行加上 -lcrypto -lssl
override LIBS += -lz -lcrypto -lssl -lbz2 -lcurl -llzma -lreadline
make
运行cnvnator报错
ERROR in cling::CIFactory::createCI(): cannot extract standard library include paths!
gcc版本更换后没有报错了
参考
- https://root.cern.ch/build-prerequisites
